DDÚ byl zřízen již v roce 1953 jako „Třídící dětský domov“. Současný název nese od roku 1970. V roce 1992 se jeho zřizovatelem stalo Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy. Jde o speciální školské zařízení s nepřetržitým provozem.
Dne 1. září 2005 bylo zprovozněno odloučené pracoviště diagnostického ústavu v Ostravě – Přívoze.

Dětský diagnostický ústav je zařízení, které přijímá děti a poskytuje péči dětem, jinak poskytovanou osobami odpovědnými za výchovu, dětem s nařízenou ústavní výchovou, uloženou ochrannou výchovou, nebo u nichž bylo nařízeno předběžné opatření (dle ustanovení § 2, odstavců 2, 3 a 4 zákona č. 109/2002 Sb., ve znění pozdějších předpisů).